该书讲述了少年小五与公牛“皇帝”之间发生的一系列故事。“皇帝”是一头出生时就个头奇大的牛，威猛又凶恶，但它和小五却成了好朋友，产生了深厚的感情。

在作者吴昕孺看来，现在的大都会早已没有了大自然的影子。楼房比山还高，比树还密。以前常在山里迷路，却从没有太多的紧张与焦虑，趁机找找野鸡蛋，摘些野果子，到小溪里抓几条泥鳅，甚至索性躺在油茶树下睡一觉，醒来后东窜西跳，回家的路就自动趴在了脚下；而现代都市里，所有十字路口和街头的状貌如出一辙，陷入其中，如同进入了一座永远找不到出口的迷宫。

农耕时代就在昨天，而随着科技的“太阳”高悬在天，高歌猛进，农耕的“露水”顷刻烟消雾散。如今在城镇生活的孩子，已基本或全部脱离农业，伴着繁重的学业，与电视、电脑和手机为伍。唯有在偏僻山区，那些没有被城镇化所侵占的田头地垄，没有被圈地开发所破坏的“世外桃源”，仍依稀留存着农耕的余响。

吴昕孺的《牛本纪》这部小说，从一个黄昏开始。每当黄昏，会有一个细小的黑点，缓缓进入手搭凉棚张望的年轻母亲的眼里。万物肃穆，炊烟袅袅，斜晖悠悠，偶尔传来鸡鸣犬吠，无缘而起，亦戛然而止。整个乡村呈现出一种莫名其妙的宁静，那是亘古以来沿袭生成的日常氛围。再大的争斗，再多的吵闹，再纷繁的勃谿，都被悉数覆盖与囊括，仿佛池塘里鱼群的斗殴，终跳不出那小小的水域。那个黑点，越来越大，是一个少年牵着一头牛。这个少年叫小五，这头牛叫“皇帝”。

全书情感丰厚，文字朴实流畅又充满奇特的想象力，言词富有诗意，充满了作者对家乡、对幼时、对陪伴童年成长的动物伙伴的思念。